No sólo los derechos fundamentales están bajo presión. La separación de poderes es problemática, y también preocupante es la falta de independencia del poder judicial en España.

La falta de independencia del poder judicial español también ha sido denunciada desde dentro, por el ex magistrado del Tribunal Supremo José Antonio Martín Pallín, por académicos del derecho constitucional como Joaquín Urias y, más concretamente, por la juez encargada de investigar la corrupción, Mercedes Alaya. Mientras tanto, el Gobierno español ha seguido promulgando leyes haciendo caso omiso de las recomendaciones tanto del GRECO como de la Comisión de Venecia, de forma que se afianzan aún más los problemas detectados en lugar de corregirlos. La falta de independencia judicial también se pone de relieve en el Cuadro de Indicadores de la Justicia de 2017 de la propia Comisión (COM(2017) 167 final) y en el Informe sobre Competitividad Global del Foro Económico Mundial.

Cada vez se criminalizan más las opiniones disidentes en España. El informe 2024 de Amnistía Internacional sobre el derecho a la protesta detalla que España utiliza leyes antiterroristas y de seguridad nacional para perseguir y silenciar a activistas no violentos. Desde el referéndum independentista de Cataluña de 2017, las autoridades españolas han recurrido cada vez más al código penal y al poder judicial para silenciar y sofocar el movimiento independentista. La represión ha adoptado la forma de multas, prohibiciones de ejercer cargos públicos, procesamiento y encarcelamiento de representantes políticos y líderes de la sociedad civil, y enjuiciamiento de miles de activistas, representantes y altos cargos.

La pugna contra el movimiento independentista de Cataluña muestra la parcialidad y politización del poder judicial español, tan evidente que incluso la juez Aguirre se jactó de obstaculizar la ley de amnistía en un audio que filtró el medio español Diario Red.

Se suponía que la ley de amnistía aprobada en mayo tenía como objetivo anular los procesamientos de los independentistas catalanes, pero su aplicación se ha producido de forma muy selectiva y desigual. Hasta la fecha, se han concedido 109 amnistías, la mayoría de ellas -un total de 51- a agentes de policía, acusados de violencia y trato degradante contra votantes pacíficos, mientras que se ha denegado a numerosos activistas independentistas, funcionarios y políticos.